Перша згадка про велику печеру біля села Нижнє Кривче зустрічається у 1721 р. у книзі Г. Жончинського "Натуральна історія королівства Польського". У 1745 р. Габріель Жончинський у новій роботі "Актуальна історія натуральна королівства Польського" пише знову про печеру в селі Кривче "із тісним входом, таку заплутану, що в ній можна заблукати". У 1783 р. про печеру в с. Кривче пише Кс. Ладовський у книзі "Історія натуральна Королівства Польського". У 1878 р. вийшла книга А. Грушецького "Про печери від Карпат до Балтики", яка є фактично першим кадастром, що включав і печери Поділля. Тут є інформація про низку печер, у тому числі й про Кристалічну.
У 1908 р. Кристалічну вдруге відкрили інженер К. Гутковський і доктор наук М. Орлович. Вони описали її привхідну частину та декілька великих залів.
У 1928-1930 рр. відбулось археологічні дослідження ближньої частини кривченської (Кристалічної) печери під керівництвом професора археології Львівського університету Леона Козловського. У 1939 р. у роботі "Нарис історії Південно-східної Польщі" він писав, що вхідний коридор був настільки недоступним і засипаним, що з великими труднощами, проповзаючи вглиб вузьким ходом, він разом з членами експедиції потрапив у перший зал. Назвали його за іменем проф. Козловського (зараз зал Казковий). Наступним спеціалістом, який продовжив вивчення Кристалічної печери, став варшавський археолог Людвіг Савицький, що разом з археологічними пошуками зайнявся геологічними дослідженнями й проблемою обладнання печери для відвідування туристами.
У 1931 р. детальне дослідження кривченської печери проводить, за дорученням Львівського державного комітету охорони природи та Центрального правління Подільського туристсько-краєзнавчого товариства в Тернополі, інженер Віктор Нехай. У 1933 р. він у книзі "Путівник по печері в Кривче" дає опис і карту дослідженої частини. Печера розташовуваласьна землях, які належали сімейству Мельзерув, котрі подарували Польському туристсько-краєзнавчому товариству (ПТТК) ділянку території біля входу та дві башти замку Кацьких, де був обладнаний притулок на 20 осіб для туристів, відвідуючих печеру. Члени ПТТК прокопали вхідний коридор у печері. Вона стала однією з найбільш відомих печер у довоєнній Польщі. Путівники на різних мовах та численні описи Поділля присвячували їй постійне місце.
Починаючи з 1961 р. Подільські печери систематично досліджує комплексна карстова експедиція Академії наук УРСР.
Під час війни вхід у печеру було підірвано. У 1961 р. його вдалося розкопати загальними зусиллями учасників комплексної карстової експедиції УРСР та студентів Тернопільського медінституту. З того часу тут проводяться систематичні дослідження.
У 1962 р. К. А. Татаринов, І. В. Марисова та Г. А. Бачинський знайшли та описали багаті палеозоологічні поховання в печері Кристалічній.
У лютому 1962 р. у складі експедиції Львівського відділу географічного товариства СРСР І. М. Гуньовський дослідив та дав опис п. Кристалічної. У тому ж 1962 р. почали топографічну зйомку печери. За даними 1963 р., загальна довжина ходів печери досягала 18,8 км, тобто на той час це була найдовша у світі печера в гіпсах. У 1968 р. Обласна секція спелеотуризму продовжувала організацію та проведення екскурсій у печери області. Екскурсії проводились, головним чином, у дві печери - Кристалічну та Млинки. Екскурсантів у п. Кристалічній приймав та обслуговував провідник. Плата за вхід дорівнювала 20 копійкам. Усього, за приблизними розрахунками, за 11 місяців 1968 р. в організованих екскурсіях у печерах побувало біля 15 тис. чоловік.
Ще у 1965 р. Тернопільський облвиконком ухвалив рішення про охорону печер області та оголосив печери Кристалічну, Млинки, Вертебу та Голубі Озера заповідними.
У 1968 р. вхід у Кристалічну був обладнаний дверима та освітленням, і з цього моменту доступ у печеру став можливий тільки з провідником.
У березні 1976 р. була проведена 37-а експедиція Тернопільського клубу "Поділля". Мета експедиції - перезйомка печери і подальші дослідження для коректування нового екскурсійного маршруту. Результати експедиції: відзнято біля 7 км і розвідано 200 м нових ходів.
У 80-х роках дослідження київських та борщівських спелеологів збільшили довжину печери до 22 км.
Зараз Кристалічна пристосована для масового відвідування. Обладнаний та електрифікований шлях, яким проходять екскурсії, зручний під'їзд, обслуговування груп професійними провідниками роблять оглядовий маршрут доступним для всіх людей у будь-яку пору року.