Первое упоминание о большой пещере неподалеку села Нижнее Крывче в 1721 г. в книге Г. Жончинского «Натуральная история королевства Польского». В 1745 г. Габриэль Жончинский в новой работе «Актуальная история натуральна Королевства Польского» пишет опять о пещере в селе Крывче: «с тесным входом, такая запутанная, что в ней можно заблудиться». В 1783 г. о пещере в с. Крывче пишет Кс. Ладовский в книге «История натуральная Королевства Польского». В 1878 г. вышла книга А. Грушецкого «О пещерах от Карпат до Балтики», которая является первым кадастром, включающим и пещеры Подолья. Здесь есть информация о ряде пещер, в том числе и о Кристаллической.
В 1908 г. Кристаллическую во второй раз открыли инженер К. Гутковский и доктор наук М. Орлович. Они описали ее привходящую часть и несколько больших залов.
В 1928 – 1930 гг. произошло археологическое исследование ближней части крывченской (Кристаллической) пещеры под руководством профессора археологии Львовского университета Леона Козловского. В 1939 г. в работе «Очерк истории Юго-восточной Польши» он писал, что входной коридор был настолько недоступным и засыпанным, что с большим трудом, проползая вглубь узким ходом, он вместе с членами экспедиции попал в первый зал. Назвали его по имени профессора Козловского (сейчас зал «Сказочный»). Следующим специалистом, продолжившим изучение Кристаллической пещеры, стал варшавский археолог Людвиг Савицкий, который вместе с археологическими поисками занялся геологическими исследованиями и проблемой оборудования пещеры для посещения туристами.
В 1931 г. детальное исследование крывченской пещеры проводит, по поручению Львовского государственного комитета по охране природы и Центрального управления Подольского краеведческого общества в Тернополе, инженер Виктор Нехай. В 1933 г. он в книге «Путеводитель по пещере в Крывче» дает описание и карту исследованной части. Пещера размещалась на землях, принадлежащих семейству Мельзерув, которое подарило Польскому туристско-краеведческому обществу (ПТТК) участок территории около входа и две башни замка Кацких, где оборудовали приют для 20 туристов, посещающих пещеру. Члены ПТТК прокопали входной коридор в пещеру. Она стала одной из наиболее известных пещер в довоенной Польше. Путеводители на разных языках и многочисленные описания Подолья посвящали ей постоянное место.
Начиная с 1961 г. Подольские пещеры систематически исследует комплексная карстовая экспедиция Академии наук УРСР.
Во время войны вход в пещеру был подорван. В 1961 г. его удалось раскопать общими усилиями участников комплексной карстовой экспедиции УРСР и студентов Тернопольского мединститута. С тех пор проводятся систематические исследования.
В 1962 г. К. А. Татаринов, И. В. Марисова и Г. А. Бачинский нашли и сделали описание богатых палеозоологических захоронений в пещере Кристаллическая.
В феврале 1962 г. в составе экспедиции Львовского отделения географического общества СРСР И. М. Гуньовский исследовал и дал описание пещере Кристаллической. В том же 1962 г. начали топографическую съемку пещеры. По данным 1963 г., общая длина ходов пещеры достигла 18,8 км, то есть, в то время это была самая длинная пещера в гипсах. В 1968 г. Областная секция спелеотуризма продолжала организацию и проведение экскурсий в пещерах области. Экскурсии проводились, главным образом, в двух пещерах – Кристаллической и Млынках. Экскурсантов в п. Кристаллической принимал и обслуживал проводник. Плата за вход равнялась 20 коп. Всего, по приблизительным расчетам, за 11месяцев 1968 г. в организованных экскурсиях в пещере побывало 15 тыс. человек.
Еще в 1965 г. тернопольский облисполком принял решение об охране пещер области и объявил пещеру Кристаллическую, Млынки, Вертебу и Голубые Озера заповедными.
В 1968 г. вход в Кристаллическую оборудовали дверью и осветлением, и с этого момента доступ в пещеру стал возможным только с проводником.
В марте 1976 г. провели 37-ю экспедицию Тернопольского клуба «Подолье». Цель экспедиции – пересъемка пещеры и дальнейшее исследование для корректировки нового экскурсионного маршрута. Результаты экспедиции: отснято около 7 км и разведано 200 м новых ходов.
В 80-х годах исследования киевских и борщевских спелологов увеличили длину пещеры до 22 км.
Сейчас Кристаллическая приспособлена для массового посещения. Оборудован и электрифицирован маршрут, которым проходят экскурсии, удобный подъезд, обслуживание групп профессиональными проводниками делают обзорный маршрут доступным для всех, не зависимо от времени года.